Redaktor naczelny półrocznika „Logos i Ethos” (1991/94 r.).
Członek Zarządu Ośrodka Badań Politycznych w Krakowie od 1992 r.
Członek Rady Naukowej Stowarzyszenia Współpracy Medyków IMA Polen.
Kierownik Katedry filozofii religii Uniwersytetu Warszawskiego 1996-1999 r.
Kierownik katedry filozofii w Collegium Civitas od 1997 r.
Koordynator w dziedzinie nauk humanistycznych i społecznych Wydawnictwa Naukowego PWN 1996-2003.
Wiceprzewodniczący Rady Naukowej Instytutu Myśli Ks. Józefa Tischnera w Krakowie, od 2003 r.
Wicedyrektor Instytutu Filozofii i Socjologii PAN od 2004-2008 r.
Dyrektor Instytutu Filozofii i Socjologii UP (2009-2016).
Przewodniczący Komitetu Nauk Filozoficznych PAN 2004-2007 r.
Ekspert Państwowej Komisji Akredytacyjnej, 2006-2008 r.Członek komisji do spraw oceny czasopism naukowych w Ministerstwie Nauki i Informatyzacji, 2007-2009.
Członek zespołu redakcyjnego miesięcznika „Znak”, Komitetu Naukowego serii Religia i filozofia Wydawnictwa Znak, Studiów z filozofii niemieckiej Uniwersytetu M. Kopernika w Toruniu, członek redakcji czasopism: „Analiza i Egzystencja” (Uniwersytet Szczeciński), „Kronos” (Uniwersytet Warszawski). Zastępca redaktora naczelnego „Archiwum Historii Filozofii i Myśli Społecznej” oraz „Mediaevalia Philosophica Polonorum” (IFiS PAN), członek redakcji czasopisma „Argument”.
Założyciel i przewodniczący Polskiego Towarzystwa Filozofii Religii.
Prezes Polskiego Towarzystwa Etycznego (2005-2016).
Ekspert Fundacji na rzecz Nauki Polskiej.
Recenzent Narodowego centrum Badań i Rozwoju oraz Centralnej Komisji do spraw Stopni i Tytułów Naukowych.
Założyciel i dyrektor Interdyscyplinarnego Centrum Badań Edukacyjnych UP